Embora os registros institucionais apontem o ano de 1998, como o inicio da presença da UFRRJ no município de Três Rios, o desenvolvimento das atividades acadêmicas de graduação somente viria a ser alavancado uma década depois.

Inicialmente instaladas nas dependências do Colégio Entre-Rios, que fora destruído posteriormente por um incêndio e atualmente abriga escritórios de uma rede de supermercados da região, as atividades de ensino mudaram-se para as dependências de outro colégio particular da cidade, o Colégio Ruy Barbosa, situado à rua quatorze de dezembro, 271 – Centro – Três Rios. Sob o aporte da Prefeitura, através da Fundação Educacional de Três Rios (FETRI), foi somente a partir de 2008 com a federalização do Campus, que o Campus viria a se consolidar.

Tendo até meados de 2007 seu funcionamento mantido regularmente como polo de ensino, com turmas fora de sede, nos cursos de graduação em Bacharelado em Administração e Bacharelado em Ciências Econômicas sendo assim suas vagas ofertadas através de vestibular próprio da Instituição que o “Campus Três Rios”, nome dado inicialmente e alterado no ano seguinte para “Unidade Acadêmica do Instituto Três Rios” viria a ter sua primeira diretora, a Prof. Dra. Luciana Amorim Nóbrega.

Á professora, oriunda do Centro de Ciências Humanas e Sociais (CCHS/UFRRJ) coube a responsabilidade de administrar a transição entre estes dois momentos da presença da UFRRJ no município de Três Rios e preparar o desenvolvimento e recepção dos primeiros servidores contratados para o novo Campus à partir do Programa de Apoio ao Plano de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (REUNI), desenvolvido na respectiva década pelo governo do presidente Luis Inácio Lula da Silva .

O nome do mais novo Campus, o décimo primeiro Instituto da Universidade, ainda viria a mudar mais uma vez e em (30 de outubro de 2009) viria a se chamar oficialmente como Instituto Três Rios, sob a sigla ITR.

Com a perspectiva de crescimento do Campus e do aumento da demanda o Instituto Três Rios viria a oferecer mais 2 (dois) novos cursos de Graduação. O Curso de Bacharelado em Direito criado em 2009 e o Curso de Bacharelado em Gestão Ambiental, 2010.

 Cabe ressaltar, que toda a trajetória de implantação e a consequente federalização do Campus Três Rios contou com o apoio de antigos alunos da UFRRJ no município, que se organizaram através do Grupo Apoio à Federalização da Universidade (GAFFU) e da luta incansável e sempre presente de uma grande personalidade pública da cidade, o economista Celso Alencar Ramos Jacob (Celso Jacob) .

Hoje a presença da UFRRJ na região do Vale do Paraíba é uma realidade não só para aqueles que a idealizaram mas para todos os milhares de jovens que ingressam na Instituição anualmente, seja em busca da realização de sonhos pessoais ou em busca de uma formação gratuita e de qualidade.